O termo sistema de janelas é por vezes usado para se referir a outros elementos de uma interface gráfica, tais como os pertencentes a gerenciadores de janelas ou até mesmo aplicativos. Enquanto em alguns sistemas operacionais, a distinção entre os aplicativos, gerenciadores de janela e as suas tecnologias de suporte estão desfocadas, estritamente falando, um sistema de janelas não inclui janelas em si.

Do ponto de vista do programador, um sistema de janelas implementa primitivas gráficas, tais como renderização de fontes ou o desenhar de uma linha na tela, efetivamente proporcionando uma abstração do hardware gráfico a partir de elementos de nível superior da interface gráfica, como gerenciadores de janela.