Tapete microbiano (ou esteira microbiana; em inglês: microbial mat) é a designação dada em ecologia e nas ciências biológicas às estruturas, muitas vezes de grande extensão, formadas pela presença de múltiplas camadas de microorganismos, maioritariamente bactérias e archaea, que formam um recobrimento contínuo, muitas vezes viscoso, sobre os materiais geológicos e biológicos. Os tapetes microbianos instalam-se na interface entre diferentes tipos de material, em geral em áreas submersas ou sobre superfícies húmidas, mas podem ocorrer em outros ambiente, sendo conhecidos alguns que sobrevivem em desertos. Os tapetes microbianos ocorrem em habitats com temperaturas ambientes entre –40 °C e 120 °C. Alguns forma-se como endossimbiontes de animais.