La baie de Humboldt est située dans le comté de Humboldt, sur la côte californienne, aux États-Unis. Les villes d'Eureka et d'Arcata sont situées à proximité de cette baie. C'est la seule baie profonde située entre San Francisco et la Baie de Coos, en Oregon. Malgré le fait qu'elle soit le meilleur port naturel le long d'une côte de plus de six cent milles, elle est restée inconnue jusqu'à une époque récente, puisqu'il est extrêmement difficile de la repérer depuis l'océan. Elle est connectée à l'Océan Pacifique par un passage aussi étroit que dangereux.