La baie de San Francisco se situe sur la côte ouest des États-Unis dans l'État de Californie. C'est un estuaire peu profond dans lequel débouchent des eaux drainant approximativement 40 % de la Californie, provenant notamment des fleuves Sacramento et San Joaquin prenant source dans la chaîne Sierra Nevada avant de se jeter dans l'océan Pacifique. Plus précisément, ces deux fleuves débouchent dans la baie Suisun, qui donne sur le détroit de Carquinez pour rejoindre Napa River à l'entrée de la baie de San Pablo, qui est elle-même connectée au sud à la baie de San Francisco, mais l'ensemble de ces baies est en général désigné comme « la baie de San Francisco ».