Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi, Türkiye ile Türk Cumhuriyetleri arasında eğitim ve kültür yönünden ilişkileri sağlamlaştırma amacı ile, 30 Eylül 1995 tarihinde İzmir'de imzalanan Türkiye Cumhuriyeti ile Kırgızistan Cumhuriyeti hükümetleri arasında Kırgızistan'ın başkenti Bişkek şehrinde Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi kurulmasına dair anlaşma'nın her iki ülke yetkili makamlarınca onaylanmasına müteakip 1997-1998 öğretim yılında öğretime başlamıştır. Üniversite, Kırgızistan uyruklu öğrencileri kendi öğrenci seçme ve yerleştirme merkezince yaptığı sınavla, Türk öğrencileri Türkiye Cumhuriyeti Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi'nce (ÖSYM) yapılan YGS ve LYS sınavları ile, diğer Türk ve akraba topluluklarına mensup öğrencileri ise yine ÖSYM'ce yapılan TCS (Türk Cumhuriyetleri Sınavı) ile almaktadır.