Kyoto ( Kyoto-shi; "başkent başkenti" ya da "başkentlerin başkenti"), Japonya'nın Kyoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehrin nüfusu yaklaşık 1,5 milyondur. 794-1868 yılları arasında ülkenin başkenti olup bin yıllık başkent olarak anılmaktadır. Kyoto, Osaka ve Kobe ile birlikte Keihanshin metropolitan bölgesinin büyük bir bölümünün başkentidir. Ayrıca Kyoto protokolü de ismini bu şehirden almaktadır.