La biodiversité dans le bâti et le jardin s'intéresse à la variété des espèces vivantes et de leurs particularités génétiques qui semble pouvoir jouer un rôle en matière d'écologie urbaine et de réseau écologique ou trame verte. Cet objectif peut devenir une quinzième cible HQE, et a aussi des impacts sur la gestion de l'eau (moins d'arrosage, de ruissellements...), la qualité de l'air, les microclimats, l'agronomie des espaces proches... Il existe de nombreux aménagements possibles pour améliorer la biodiversité des espaces urbanisés, portant sur le bâti comme sur les espaces non bâtis.