Le comté de San Joaquin est un comté de l'État de Californie aux États-Unis. Au recensement de 2000, il comptait 563 598 habitants. Sa population serait de 620 000 habitants environ en 2006. Son chef-lieu est Stockton. Créé en 1850, c'est l'un des comtés originels de l'état. Il a été nommé ainsi parce qu'il est traversé par le fleuve San Joaquin.