L’endosymbiose est la coopération mutuellement bénéfique entre deux organismes vivants, donc une forme de symbiose, où l'un est contenu par l'autre. L'organisme interne est appelé un endosymbiote. Cette terminologie est surtout employée au niveau cellulaire pour imager une coopération entre des micro-organismes simples, et les cellules d'organismes plus évolués qui les contiennent et dont ils favorisent le fonctionnement. L'endosymbiose se différencie de l'ectosymbiose.