La guerre de Somalie en cours depuis 2006 oppose principalement le gouvernement fédéral, présidé de 2004 à 2008 par Abdullahi Yusuf Ahmed, à divers groupes, islamistes ou claniques. Elle a opposé un temps le gouvernement fédéral de transition à l'Union des tribunaux islamiques, dans un cadre d'affrontements claniques qui a cours depuis le début de la guerre civile somalienne en 1991. Cette dernière, qui a conduit à la fragmentation du pays et à l'autonomie voire l'indépendance autoproclamée de plusieurs régions (Puntland, Somaliland), a abouti en 2003 à la proclamation d'une Charte prévoyant un État fédéral, et à la mise sur pied d'institutions fédérales de transition, visant à reconstruire l'État somalien.