Le microbiome (du grec micro = petit et bios = vie) est l'« aire biotique » (aire de vie) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois groupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent et/ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant.