在他即位後第十年(
1392年),南北朝宣告統一,南朝的
後龜山天皇交出神器並且退位。根據當時的協定,後小松天皇的繼承者必須是後龜山天皇的兒子,而且以後的繼位者應該以南北輪流的方式來排定。不過後來卻遵照足利義滿的意向,在
1412年讓後小松天皇傳位給自己的兒子
實仁親王,以致於後來
大覺寺統方面的人士強烈不滿。
在他任內,足利義滿權力極高,甚至在
明朝使者來日時,都稱義滿為「日本國王」,顯然幕府的地位凌駕在天皇之上,當然這也是因義滿自認後小松天皇之所以可以登上天皇之位,都是他幫忙的關係。