Era figlio di Giuba I, re di Numidia (85-46 a.C.), sconfitto da Cesare nel corso della guerra contro Pompeo e i suoi alleati. Alla morte di Giuba I la Numidia divenne provincia romana e Giuba II, ancora bambino, venne portato a Roma dove ricevette la stessa educazione dei figli dell'aristocrazia romana. Qui conobbe e sposò, nel 19 a.C., la greca Cleopatra Selene, figlia di Cleopatra e Marco Antonio.