Fu stretto amico di alcuni fra i membri principali della corrente del
trascendentalismo di cui però non farà mai parte. Fu influenzato in particolare da
Ralph Waldo Emerson da cui successivamente si allontana per elaborare un suo proprio pensiero che si discosta dal
trascendentalismo negando ogni idealità al di fuori dell'immanenza. La natura è per Thoureau non un semplice strumento per il raggiungimento di conoscenze ideali di ordine superiore, bensì oggetto ultimo della pratica filosofica, fonte di benessere e soluzione esistenziale. È principalmente noto per lo scritto autobiografico
Walden, ovvero La vita nei boschi, una riflessione sul rapporto dell'uomo con la natura, e per il saggio
Disobbedienza civile in cui sostiene che è ammissibile non rispettare le leggi quando esse vanno contro la coscienza e i diritti dell'uomo, ispirando in tal modo i primi movimenti di protesta e
resistenza non violenta. Il filosofo
Stanley Cavell lo considera, insieme a
Ralph Waldo Emerson, una delle «menti filosofiche più sottovalutate che l'America abbia prodotto».