最基本的MS-DOS系统由一个基于
MBR(硬碟才有MBR,軟碟沒有MBR,啟動磁區位於第0軌的磁區中,內容上與硬碟的MBR略有不同)的BOOT引导程序和三个文件模块组成。这三个模块是输入输出模块(IO.SYS)、文件管理模块(MSDOS.SYS)及命令解释模块(COMMAND.COM)。(不过在MS-DOS 7.0中,MSDOS.SYS被改为启动配置文件,而IO.SYS增加了MSDOS.SYS的功能)除此之外,
微软还在零售的MS-DOS系统包中加入了若干标准的外部程序(即外部命令),这才与内部命令(即由COMMAND.COM解释执行的命令)一同构建起一个在磁盘操作时代相对完备的人机交互环境。有关MS-DOS的各种命令,请参见
MS-DOS命令列表。