La
Real y Pontificia Universidad de México se concedió la real cédula para su creación el
21 de septiembre de
1551 y se inauguró el
25 de enero de
1553 en el antiguo virreinato de la
Nueva España, en aquel tiempo bajo el cargo de
Felipe II. Aunque el papado concedió la bula, esta nunca llegó a la Nueva España, ya que el rey y su Consejo de Indias consideraron que se exedían los privilegios a la universidad, por tanto la bula permaneción en Sevilla. Será en el siglo XVIII cuando empiece a utilizarse lo que el investigador Enrique González González ha denominado un timbre de honra. Tradicionalmente, se consideran a la
Universidad Nacional Autónoma de México y la
Universidad Pontificia de México como sus herederas institucionales. Sin embargo, se ha planteado un debate acerca de la continuidad de la universidad virreinal con la UNAM. Esta idea se originó con motivo de los festejos del IV Centenario de la Universidad de México en 1951, a diferencia de las intenciones de Justo Sierra, quien buscaba crear una nueva universidad en 1910. Por otro lado el
25 de enero de
2012 la congregación para la educación católica otorga a la
Universidad Pontificia de México el reconocimiento de ser la misma institución que la Real y Pontificia Universidad de México. Fue su primer rector y catedrático don
Francisco Cervantes de Salazar.