Francesco fu il figlio primogenito del signore di Boisy, nobile di antica famiglia savoiarda e ricevette una raffinata educazione. Il padre, che voleva per lui una carriera giuridica, lo mandò all'
Università di Padova, dove Francesco si laureò, ma dove decise di divenire sacerdote. Ordinato il
18 dicembre 1593, fu inviato nella regione del
Chiablese, dominata dal
Calvinismo, e si dedicò soprattutto alla predicazione, prediligendo il metodo del dialogo: inventò i cosiddetti «manifesti», che permettevano di raggiungere anche i fedeli più lontani.