De zwarte Dood is de naam voor een
epidemische ziekte die tussen 1346 en 1351 in Europa woedde en vele slachtoffers maakte, soms tientallen procenten van de bevolking. De epidemie kostte wereldwijd tussen de 75 en 100 miljoen mensen het leven. Meestal werd al aangenomen dat het hier de
pest betrof, maar hierover bestond tot voor kort geen absolute zekerheid. De mogelijkheid dat de epidemie veroorzaakt werd door een
filovirus werd ook opengelaten. Tot deze groep van virussen behoren onder meer het
ebolavirus en het
marburgvirus. De pest daarentegen wordt niet veroorzaakt door een virus, maar door de bacterie
Yersinia pestis, die verspreid wordt door
vlooien die met name op de
zwarte rat parasiteren. Dat een bacterie de oorzaak was van de pest en dat deze bacterie verspreid werd door vlooien op ratten, werd pas honderden jaren later bekend. Uit overlevering en tekeningen weten we dat de Zwarte Dood gepaard ging met builen (zwelling van de
lymfeklieren), vergelijkbaar met de Aziatische
builenpest uit de 18e eeuw. Dit steunt de theorie dat het bij de Zwarte Dood om builenpest ging. In 2010 werden sporen van de Yersinia pestis bacterie in het DNA gevonden van skeletten uit massagraven waarin slachtoffers van de Zwarte Dood zijn begraven.