אנטומיה של הצמח (plant anatomy) הוא ענף של
מדע הבוטניקה, העוסק במבנה הפנימי של צמחים. ענף מקביל הוא מורפולוגיה של הצמח, העוסק בצורה החיצונית של הצמח. במשך רוב ההיסטוריה לא הייתה הפרדה בין נושאים אלו, אולם מאז אמצע המאה ה-20, עם התפתחות המחקרים בנושא, אלה נחשבים לשני ענפי מדע שונים.