הסוגיות שבתלמוד הירושלמי נערכו בארץ ישראל במאה השלישית. הרמב"ם ייחס חיבורו לאמורא
רבי יוחנן, שהיה מגדולי האמוראים של ארץ ישראל. אך מוזכרים בו אמוראים שחיו כמה דורות אחריו, והכוונה שזה יצא מבית מדרשו. מסכת נזיקין שונה באופיה מיתר התלמוד הירושלמי, והיא משקפת כנראה עריכה מוקדמת יותר, המזוהה ע"פ חוקרים מסוימים כ"תלמודה של קיסרין" הנזכרת בתלמוד זה מספר פעמים. לפי הרב יצחק אייזיק הלוי התלמוד הירושלמי לא נערך כלל, והנוסח שבידינו הוא זה שנלמד בישיבת ציפורי לפני גזירות הקיסר גאלוס והנציב הרומאי ארסקינוס בשנת ד'קי"א (351). בעקבות הגזירות פוזרה ישיבת ציפורי וחלק מאמוראי ארץ ישראל ירדו לבבל, והצטרפו לישיבת אביי ורבא.