למרות קיומן של מערכות מורכבות בתחומים רבים השונים זה מזה, מתפתחים מאפיינים התנהגותיים ומבניים דומים במערכות אלה, ומטרת הענף המדעי של חקר המערכות המורכבות היא לחקור תבניות (Patterns) אלה, לנסות להגדירם בצורה פורמלית בעזרת כלים הנלקחים מענפים שונים של ה
מתמטיקה, ועל ידי-כך להבין בצורה טובה יותר את המערכות אשר מסביבנו, ולשפר את היכולת לחזות את התנהגותן. המצאת המחשב אפשרה לחקור את נושא המערכות המורכבות ונתנה דחיפה עצומה לחקר התחום כולו. חוקרים מתחומי מחקר רבים מתעניינים בענף זה של מחקר מתמטי ומחקרם מתפתח בד בבד עם שכלול הטכנולוגיה המאפשרת אותו.