צופן זרם המיושם בחומרה מהיר מאוד ומנצל מעגלים פשוטים וקלים לתפעול ותחזוקה. הוא מתאים במיוחד להתקני תקשורת בהם הזיכרון מוגבל או כאשר יש צורך בהצפנה ושידור של מנות מידע קטנות בכל פעם, כאשר אורך המידע אינו ידוע מראש. לצופן זרם יתרון על פני צופן בלוקים גם במקרים בהם כשל בשידור עלול להתרחש בתדירות גבוהה כגון בתקשורת אלחוטית. מצד שני בדרך כלל צופן בלוקים בעל אופי יותר מקבילי מצופן זרם, כלומר אפשר להגיע ל
מצב הפעלה שבו בלוקים מרובים מוצפנים במקביל. צפני זרם ישנים פעלו בעיקר על סיביות במיוחד בחומרה. צפנים מודרניים מנצלים את ההתקדמות הטכנולוגית להשגת ביצועים גבוהים יותר ופועלים על בלוקים גדולים כמו 160 סיביות, תוך התחשבות בגבולות מילה.