קשר מימן, או גשר מימן, הוא קשר כימי בין-מולקולרי קוטבי הנוצר בין אטום מימן המחובר בקשר קוולנטי קוטבי עם אחד מאטומי ה"נוף" האלקטרושליליים (N,O,F): חנקן (N), פלואור (F) או החמצן (O) לאטום מאותה הקבוצה ("נוף") במולקולה אחרת. בתוך מקרומולקולות, כגון חלבונים וחומצות גרעין, הקשר יכול להתקיים בין שני חלקים של אותה המולקולה. הקשר בין אטום המימן לאחד מאטומי ה"נוף" נוצר באמצעות קשרים בין מטענים חלקיים נגדיים, כאשר לאטום המימן מטען חלקי חיובי אשר מתחבר למטען החלקי השלילי אשר נמצא באזור האטום האלקטרושלילי במולקולה אחרת. קשרי המימן הם הקשרים הבין-מולקולריים החזקים ביותר, אבל חלשים בהרבה מקשרים יוניים,מתכתיים וקוולנטיים.