پیوند هیدروژنی بین اتمهای هیدروژن و اتمهایی که الکترونگاتیوی بالایی دارند برقرار میشود. این پیوندها می توانند بین ملکولهای مختلف و یا بین اتمهای مختلف یک ملکول (درون ملکولی) ایجاد شوند. پیوند هیدروژنی (۵-۳۰ kj/mol) از پیوند واندروالس مستحکمتر است اما از پیوندهای یونی و کووالانت ضعیفتر است. این نوع پیوند شیمیایی در هر دو نوع ملکولهای غیر آلی (مانند آب) و آلی (مانند DNA) دیده می شود.