雖然科學方法自古便不斷發展,但現代科學方法卻是始自伊斯蘭科學家,
海什木(Alhazen)在大約西元1000年左右,運用實驗的
經驗法則寫出了一本關於。然而,現代
科學方法在13世紀的歐洲由
大學經院哲學的學者所發起科學革命時,方才算發展完全,到了16世紀及17世紀早期的發展高峰,現代科學方法的廣泛應用更引領了知識的全面重估。科學方法的發展被某些人(尤其是
科學哲學家及實證科學家)認為是太過於基礎而重要的,認為早先對於自然的探問只不過是
前科學 (pre-scientific),現代科學方法才被他們認為是真正的科學。習慣上,科學史學家仍舊認定早先的科學探問也包含於廣大而充足的科學範疇之中。