雖然從類型學的角度來看,阿伊努語和日語有相似之處,但是一般認為,阿伊努語仍然是一種獨立的語言,沒有已知的證據顯示它和其他語言有任何關聯性。有時它會和
古西伯利亞語言歸類再一起,不過那並不算是一個正式的
語言系屬分類。大部分的語言學家相信阿伊努語和Nivkh語所共用的詞彙事實上是一種
外來詞的應用;阿伊努語和日語之間也有類似的共用詞彙。另外還有學者發表阿伊努語和日語及
阿爾泰語系關係的論述(Patrie 1982),但並沒有獲得其它專家的支持。近年來,以日語學家村山七郎為首的學者們,企圖藉由字彙和文化的比較來建立起阿伊努語和
南島語系的關係。Alexander Vovin (1993) 也曾發表證據證明阿伊努語和
南島語系的關係,但之後他承認那是一個不成熟的假設。