Deze bacteriën komen van nature voor in de darmflora van mens en dier, meer bepaald in de dikke darm. Bij zuigelingen, die borstvoeding krijgen, maken de bifidobacteriën zelfs 95% uit van de totale darmflora. De soorten die voorkomen in het menselijk spijsverteringsstelsel onderscheiden zich van dierlijke bifidobacteriën. Zo is bijvoorbeeld B. animalis, die voorkomt bij dieren, beter bestand tegen zure milieus en wordt daarom toegepast in verschillende soorten probiotische yoghurts.