Após a morte de Cromwell em 1658, uma crise política resultou na
restauração da monarquia, com Carlos sendo convidado a retornar para a Grã-Bretanha. Em 29 de maio de 1660, seu aniversário de trinta anos, ele foi recebido em Londres com grande aclamação pública. Depois disso, todos os documentos legais foram datados como se ele tivesse sucedido seu pai em 1649.
O parlamento inglês aprovou leis conhecidas como o Código Clarendon, criado para fortalecer a posição da reestabelecida
Igreja Anglicana. Ele concordou com o código, mesmo sendo a favor de uma política de tolerância religiosa. A principal questão estrangeira do início de seu reinado foi a
Segunda Guerra Anglo-Holandesa. Em 1670, assinou o Tratado Secreto de Dover, uma aliança com o seu primo
Luís XIV de França. O rei francês concordava em auxiliar o inglês na
Terceira Guerra Anglo-Holandesa e pagar uma pensão a Carlos, em troca Carlos prometia se converter ao
catolicismo em uma data futura não especificada.