Le conseil régional de Franche-Comté comprend 43 membres et siège à Besançon, dans des locaux composés de l'ancien Hôtel de Grammont acquis en 1982 et des bâtiments voisins de l'ancienne institution Saint-Jean donnant sur le square Castan. Il est présidé par la socialisteMarie-Guite Dufay réélue en mars 2010. Elle détenait la présidence lors de la mandature précédente à la suite du décès, en janvier 2008, du président d'alors, Raymond Forni.