Eencelligen zijn organismen die overeenkomen in het kenmerk dat ze uit één cel bestaan. Er zijn prokaryote en eukaryote eencelligen. Prokaryoten hebben een eenvoudige bouw zonder een celkern. Hiertoe behoren de bacteriën en de Archaea. Eukaryoten hebben die een complexere bouw met verschillende organellen zoals een celkern, de protisten. Tot de eencellige eukaryoten behoren de protozoa zoals amoeben, veel soorten algen (van de roodalgen, bruinwieren en groenwieren) en pantoffeldiertjes. Eukaryote organismen hebben veel grotere cellen dan prokaryoten - het volume kan wel een factor 1000 maal groter zijn. Doordat de cellen gecompartimenteerd zijn in organellen kunnen ze meer soorten reacties laten plaatsvinden in hun cytoplasma en zijn die reacties efficiënter. De aanwezige organellen zijn onder andere de celkern, de mitochondriën, het golgi-apparaat, het endoplasmatisch reticulum en onder andere bij planten de plastiden.