Einschlusskörperchen oder Proteinaggregate (engl. inclusion bodies) sind kleine, nach Anfärbung unter dem Lichtmikroskop sichtbare Partikel im Inneren von Zellen. Sie bestehen aus Ansammlungen von zumeist fehlerhaft oder unvollständig gefaltetenProteinen, die unter anderem bei exzessiver Synthese erzeugt werden und im Zellkern oder Zytoplasmaausfällen.