Estonia en los Juegos Olímpicos está representada por el Comité Olímpico Estonio, miembro del Comité Olímpico Internacional desde el año 1991. Los deportistas estonios han competido bajo diferentes banderas: antes de 1936 bajo la bandera de Estonia, de 1952 a 1988 bajo la bandera de la Unión Soviética y a partir de 1992 nuevamente como Estonia.