Lago Vitória, que é o maior de todos, encontra-se entre os dois ramos (oriental e ocidental) do Vale do Rift e é partilhado pelo Quénia, Uganda e Tanzânia; e
Lago Turkana (antigo Lago Rodolfo), partilhado mais de 90% no Quénia e o restante ao sul da Etiópia, que o único grande lago africano no ramo oriental do Vale do Rift.
Os lagos Vitória, Alberto e Eduardo vertem suas águas no Rio Nilo Branco. O lago Tanganica e o lago Kivu desaguam no Rio Congo, enquanto que o lago Niassa deságua no Rio Zambeze. O lago Turkana (Rudolfo) é endorreico.