Ein Helium-Ionen-Mikroskop (, SHIM) ist ein bildgebendes Verfahren, welches darauf basiert, dass ein Helium-Ionenstrahl das zu untersuchende Objekt abtastet. Das Verfahren ähnelt dem eines Rasterelektronenmikroskops. Das Helium-Ionen-Mikroskop wurde von Bill Ward unter anderem bei der US-amerikanischen Firma ALIS entwickelt, die 2006 von Carl Zeiss SMT übernommen wurde. Diese ist derzeit (2014) einziger Hersteller eines solchen Gerätes.