Una infecció és la colonització d'un organismehoste (vegetal, animal, …) per un microorganisme exterior: bacteris, protozous, prions, viroides (en el cas de les plantes) o virus. Sovint resulta perjudicial pel funcionament normal i, provocant una malaltia infecciosa, per la qual cosa se'l qualifica de patogen. Pot comprometre la supervivència de l'hoste. Quan la colonització és produïda per un animalparàsit no es parla d'infecció, sinó d'infestació.