A
Inquisição Portuguesa tinha de cobrir todos os
territórios do
império ultramarino português, tendo sido particularmente mais rigorosa em Portugal e menos violenta na Índia. É natural serem hoje recordados somente os casos mais marcantes que tenham comovido ou irado as populações, contentes ou não pelos resultados dos julgamentos feitos. Foi decretada uma lei que proibia a todos de apedrejarem, cuspirem, ou insultarem os réus e os condenados. Contudo eram as crianças que apedrejavam de forma "desculpável".
Apesar de não estar instituído no
Brasil, esta colônia estava subordinada ao Tribunal de Lisboa, que enviava um visitador para investigar presencialmente como se encontravam a fé e o cumprimento dos
dogmas católicos pela população. Desse modo, registraram-se três visitações à colônia brasileira, nomeadamente na
Capitania da Bahia, na
Capitania de Pernambuco e no
Estado do Maranhão e Grão-Pará. Esta última, classificada como extemporânea pelos historiadores, ocorreu já ao final do
século XVIII, momento em que a instituição já se encontrava enfraquecida.
A Inquisição em Goa começou em 1560 e tinha como principal objetivo punir pessoas que seguiam o
hinduísmo ou
islamismo e que se converteram para o
catolicismo romano, mas que eram suspeitas de estarem seguindo suas antigas fés. Além disso, a Inquisição processava não-convertidos que interferiam em tentativas portuguesas de converter os não-cristãos ao catolicismo.