Nel suo anno da
esordiente, Joe lanciò per 2.971 yard, 14
touchdown e 12
intercetti giocando come titolare tutte le 16 gare di stagione regolare e diventando solamente l'ottavo quarterback rookie nella storia della NFL a partire come titolare in una gara di playoff. Guidando i Ravens a due vittorie in trasferta nei playoff 2008-09, divenne il primo rookie tra i quarterback nella storia della lega a vincere due gare di playoff. Nella sua seconda stagione, Flacco migliorò passando 3.613 yard, 21 touchdown e 12 intercetti, stabilendo i record di franchigia per percentuale di completamento dei passaggi (63,1) e
passer rating (88,9). Nel suo terzo anno nella NFL, Flacco divenne il leader di tutti i tempi della storia dei Ravens per yard passate (10.206) e passaggi da touchdown (60). Giocando come titolare due gare di playoff nel 2009, Flacco conquistò il primato per il maggior numero di presenze da titolare per un quarterback nelle sue due prime stagioni nella NFL (37). Flacco divenne solamente il quarto quarterback a portare la sua squadra ai playoff nelle sue prime quattro stagioni e il primo a vincere una partita in un ognuna di esse. Nella stagione guidò i Ravens alla vittoria del
Super Bowl XLVII venendo premiato come
MVP della partita. Nel
2013 firmò il contratto d'ingaggio pluriennale più alto nella storia della NFL: 120,6 milioni di dollari per 6 anni, ossia 20,1 milioni a stagione.