Karl Hugo Huppert (* 29. Januar1832 in Marienberg, Erzgebirge; † 19. Oktober1904 in Prag) war ein deutscher Chemiker und Mediziner. Er wirkte ab 1872 als Professor für angewandte medizinische Chemie an die Universität Prag, an der er 1895/1896 auch als Rektor fungierte, und beschäftigte sich insbesondere mit der Entstehung von körpereigenen Substanzen und ihrem Nachweis in Körperflüssigkeiten.