Der Begriff
Metabolom wurde in Analogie zu den Begriffen
Genom,
Transkriptom und
Proteom geprägt und entsprechend benannt. Das Wort leitet sich von Metabolismus (=
Stoffwechsel) ab. Gelegentlich wird auch die Bezeichnung
Metabonom verwendet, besonders im Zusammenhang mit der Toxizitätsbeurteilung von Wirkstoffen. Über die genauen Unterschiede zwischen Metabolom und Metabonom wird rege diskutiert.