Molekula je elektricki nenaelektrisana, neutralna grupa dva ili vise atoma koji su povezani hemijskim vezama. Molekule se razlikuju od iona tako sto nemaju elektricni naboj. Medutim, u kvantnoj fizici, organskoj hemiji i biohemiji pojam molekule se ne uzima toliko striktno, te se u molekule ubrajuju i poliatomski ioni.