Figlio primogenito del sultano
Selim II (
1566-
1574) e della
valide sultan (madre del sultano regnante)
Nur-Banu (la veneziana Cecilia Venier-Baffo), successe al padre nel 1574. La sua autorità venne però minata dalle influenze dell'
harem, in particolare dalle pressioni della madre e in seguito della sua sposa favorita
Safiye Sultan. Durante il regno di
Selim II ad assicurare la stabilità dell'impero si era adoperato l'abile e potente
gran visir Mehmet Sokollu, ma questi venne assassinato nell'ottobre
1579. Il regno di Murad III fu caratterizzato dai primi segni del declino politico ed economico dell'impero ottomano, nonché da guerre contro l'
Impero safavide e l'
Impero asburgico.