O museu possui um dos maiores
acervos de
artefatos arqueológicos e
etnográficos do
Brasil, composto por mais de 150.000 peças, formado por meio de coletas de campo,
escavações, compras, permutas, comodatos e doações, desde o fim do
século XIX. A coleção arqueológica abrange os povos e
civilizações do Mediterrâneo e do
Oriente Médio, da
América pré-colombiana e, sobretudo, do
Brasil pré-colonial. A coleção
etnográfica abrange peças relativas às populações
africanas e
afro-brasileiras e aos
povos indígenas de todas as regiões do Brasil. Possui ainda uma vasta
biblioteca, com cerca de 60 mil volumes, entre
livros, catálogos,
teses,
periódicos e
obras raras.
O MAE oferece
cursos de extensão e disciplinas optativas para estudantes de
graduação. Em nível de
pós-graduação, mantém o Programa de Arqueologia para graduados em geral, formando profissionais nas áreas de
arqueologia pré-histórica e
histórica e
arqueologia clássica. Promove
exposições e programas educativos voltados à comunidade em geral. A pesquisa é desenvolvida na forma de atividades de gabinete, campo e laboratório, em convênio com diversas instituições brasileiras e estrangeiras. Mantém o Centro Regional de Pesquisas Arqueológicas Mário Neme, na cidade de
Piraju, e o Museu Regional de
Iguape, no
Vale do Ribeira, como núcleos de apoio logístico e operacional para pesquisas de campo. Também possui vínculos com o Centro de Arqueologia Biomas da Amazônia, no município de
Iranduba, em conjunto com a
Universidade do Estado do Amazonas. Publica a
Revista do Museu de Arqueologia e Etnologia, com periodicidade anual.