Obediencja (z łac.
oboedientia – posłuszeństwo) historycznie miała dwa znaczenia:
- Podział na dwa obozy: obediencja papieży rzymskich i obediencja papieży awiniońskich w czasie schizmy w Kościele katolickim (1378–1417). W tym czasie także zakony dzieliły się na obediencje, np. zakon karmelitów czy zakon dominikanów, a podziały te ulegały zatarciu po przywróceniu jedności w świecie katolicyzmu.
- W terminologii masońskiej obediencja wolnomularska to struktura złożona z kilku samodzielnych lóż. Jest to jednostka niezależna, bez władzy zwierzchniej i bez dalszych rozgałęzień. Obediencje przyjmują przeważnie organizacyjne formy prawne oparte na ustawach o stowarzyszeniach kraju, w którym się znajdują. W Polsce funkcjonują obediencje Wielkiej Loży Narodowej Polski, Wielkiego Wschodu Polski, Polska Federacja Międzynarodowego Zakonu Masońskiego Obrządku Mieszanego Le Droit Humain.