Inom en
högskola eller ett
universitet är en
prefekt chef för en
institution. Prefekten har normalt ansvar för institutionens personal och att dess ekonomi går ihop. Prefekter vid svenska universitet och högskolor utses av
rektor och vanligen på förslag från personalen vid berörd institution. Att vara prefekt är numera ett myndighetsuppdrag på delegation från rektor. Traditionellt var en av institutionens
professorer prefekt, ett uppdrag som ibland roterade bland professorerna och ibland istället kunde gå till den äldste. I takt med att prefektrollen ändras till en mera utpräglad chefsroll håller denna gamla ordning på att försvinna, och det är vanligare att personer ur andra kategorier, som
universitetslektorer, är prefekter.