Der nordöstliche Teil des Naturparks liegt im Département Doubs und umgrenzt etwa den Oberlauf des gleichnamigen Flusses Doubs.
Der mittlere Teil liegt im Département Jura und umfasst das Gebiet vom Hochjura (frz. Haut-Jura) mit den höchsten Erhebungen des Parks im Osten bis zum Tal des Ain im Westen.
Der südliche Teil liegt im Département Ain in der benachbarten Region Rhône-Alpes und reicht im Süden bis an das Rhonetal heran.