O rio Negro é navegável por 720 quilômetros acima de sua foz e pode chegar a ter um mínimo de 1 metro de profundidade em tempo de seca, com muitos bancos de areia e outras dificuldades menores. Na estação das chuvas, transborda, inundando as regiões ribeirinhas em distâncias que vão de 32 km até 640 km.
Todo ano, com o degelo nos
Andes e a estação das chuvas na região Amazônica, o nível do rio sobe vários metros, alcançando sua máxima entre os meses de junho e julho. O pico coincide com o "verão amazônico". O nível do rio abaixa até meados de novembro, quando novamente inicia o ciclo da cheia. Em Manaus, a máxima do Rio Negro vem sendo registrado há mais de cem anos, e há um quadro no Porto de Manaus com todos os registros históricos, inclusive o da maior cheia de todos os tempos, ocorrida em 2012, alcançando, até 21 de maio (antes do início da vazante), a cota de 29,87 metros acima do nível do mar. Todos os rios da Bacia Amazônica sofrem o mesmo fenômeno de subidas e baixas em seus níveis, comandados pelos dois maiores rios: o Rio Negro e o Rio Solimões (que, ao se encontrarem, abaixo da cidade de Manaus, formam o Rio Amazonas).