Wiesenthal morreu durante o sono aos 96 anos em
Viena, em 20 de setembro de 2005, e foi sepultado na cidade de Herzliya, em
Israel, em 23 de setembro. Deixou uma filha, Paulinka Kriesberg, e três netos. O
Centro Simon Wiesenthal, localizado em
Los Angeles, é nomeado em sua honra.