Siskiyou County is een van de 58 county's in de Amerikaanse deelstaat Californië. Siskiyou ligt in het uiterste noorden van de staat en is met een oppervlakte van 16.440 km² een van de grootste county's. Volgens de volkstelling van 2010 woonden er 44.900 mensen. De county seat en het grootste stadje van dit dunbevolkte gebied is Yreka. Andere stadjes zijn Mount Shasta (op de flanken van de gelijknamige vulkaanberg), Weed, Dunsmuir en Montague.