UEFA-cupen 2006/2007 var den 49:e upplagan av UEFA-cupen i fotboll. Kvalspelet började den 13 juli2006, och huvudturneringen den 14 september2006. Finalen spelades på Hampden Park, Glasgow, Skottland den 16 maj2007 mellan de spanska klubbarna RCD Espanyol och Sevilla FC. Efter full tid och förlängning var resultatet 2-2. Matchen gick till straffar där Sevilla kunde vinna och deras målvakt Andrés Palop blev stor hjälte då han räddad tre Espanyolstraffar. Detta var Sevillas andra titel andra året i rad.