El
sitio o centro activo es la zona de la enzima en la que se une el
sustrato para ser
catalizado. La reacción específica que una
enzima controla depende de un área de su estructura terciaria. Dicha área se llama el
sitio activo y en ella ocurren las actividades con otras
moléculas. Debido a esto, el sitio activo puede sostener solamente ciertas moléculas. Las moléculas del
sustrato se unen al sitio activo, donde tiene lugar la
catálisis. La estructura tridimensional de éste es lo que determina la especificidad de las enzimas. En el sitio activo sólo puede entrar un determinado sustrato. Dentro del centro activo hay ciertos aminoácidos que intervienen en la unión del sustrato a la enzima y se denominan
residuos de unión, mientras que los que participan de forma activa en la transformación química del sustrato se conocen como
residuos catalíticos. El acoplamiento es tal que E. Fisher (
1894) enunció: "el sustrato se adapta al centro activo o catalítico de una enzima como una llave a una cerradura". Aunque actualmente esta idea es obsoleta, y se utiliza un modelo de encaje inducido propuesto por Daniel E. Koshland en 1958.